O Departamento de Epidemiologia estuda e monitoriza um grande número de factores que condicionam positiva ou negativamente o estado de saúde, com a finalidade de enriquecer o conhecimento já existente sobre a frequência e a distribuição dos determinantes na população. Para tal, gere e usa instrumentos de observação e delineia estudos epidemiológicos específicos.

Assim, alguns comportamentos, como o consumo de tabaco e de álcool são estudados regularmente pelo Inquérito Nacional de Saúde. Estimativas anuais da cobertura com vacina antigripal da população portuguesa são abordadas frequentemente pelo ECOS - “Em Casa, Observamos Saúde”. Os determinantes ambientais têm sido abordados como, a título de exemplo, as ondas de calor com impacto na mortalidade, em que a previsão da dimensão desse efeito é feita diariamente durante o verão através de ÍCARO –“ Importância do CAlor: Repercussão sobre os Óbitos”, um instrumento de observação e previsão em actividade desde 1999 ou a poluição do ar, na saúde da população, através de projectos delineados especificamente para esse efeito.

Ainda no âmbito das determinantes podem ser incluídos estudos realizados sobre o nível de conhecimento da população acerca de diversos temas no âmbito da a saúde.