À Unidade de Investigação e Desenvolvimento compete no âmbito científico e técnico do departamento:

• Identificar as necessidades de investigação e desenvolvimento em doenças infecciosas, seus agentes, vectores e determinantes estabelecendo as respectivas prioridades, de acordo com as prioridades estratégicas nacionais e internacionais, nomeadamente as fixadas pelo Ministério da Saúde;
• Identificar as necessidades de investigação e desenvolvimento em doenças infecciosas estabelecendo  as respectivas prioridades, de acordo com as prioridades estratégicas nacionais e internacionais, nomeadamente do Ministério da Saúde;
• Realizar investigação em doenças infecciosas, seus agentes, vectores e determinantes;
  Assegurar  a execução de projectos de I&D em agentes de doenças infecciosas, enquadrados nas prioridades estratégicas do Ministério da Saúde e da agenda de I&D em Saúde;
• Desenvolver novas metodologias de diagnóstico que possam contribuir para o avanço técnico subjacente a uma resposta especializada e altamente qualificada a problemas em infecciologia;
  Desenvolver instrumentos para a observação do estado de saúde da população portuguesa e dos seus determinantes.