Dentro da função referência o DAN exerce as seguintes actividades:

• Articulação com a rede dos Laboratórios de Saúde Pública (LSP), colaborando na avaliação da instalação e do seu funcionamento e assegurando o apoio técnico-normativo, nos domínios da análise química e microbiológica de alimentos;
• Gestão do Programa Nacional de Avaliação Externa da Qualidade na área da  Microbiologia dos Alimentos, em colaboração com a Health Protection Agency (HPA) Londres;
• Colaborar e prestar assessoria técnico-científica a programas externos de avaliação de desempenho;
• Preparação e caracterização de Materiais de Referência para a Segurança Alimentar e Nutrição;
• Colaboração na elaboração de normas para harmonização de metodologias nos domínios da análise química e microbiológica dos alimentos e dos materiais em contacto;
• Estudo e desenvolvimento de novas metodologias e implementação de métodos de referência, nas áreas química e microbiológica de alimentos e dos materiais em contacto;
• Cooperação cientifica e tecnológica a nível nacional e internacional;
• Acolhimento de estagiários e colaboração em acções de formação na docência pré e pós-graduada.